Лаборатория Систематики и морфологии образована в результате реорганизации 12 августа 2016 года на основании решения Ученого совета №486 от 17 февраля 2016 года, в связи с оптимизацией структуры института и повышением результативности показателей работы, путем объединения 4 лабораторий. Приказ №412-ОК от 3 июля 2016 года, объединить:

• лабораторию экологии бентоса. Создана лаборатория экологии бентоса в соответствии с решением Ученого совета от 30.05.1989, протокол № 2226, приказ по Институту биологии моря ДВНЦ АН СССР № 74-ок от 07.06.1989 г. До этого приказа называлась "Лаборатория палеоэкологии" (основные этапы : 1968 г, создана под рук-вом к.г-м.н. Е.В. Краснова; 1972 год – в целях укрепления научного руководства и координации близких по профилю исследований создан отдел экологии – в него вошли лаборатория физиологической экологии и лаборатория палеоэкологии, затем в 1979 году отделившаяся под руководством Ю.Я. Латыпова; 1 марта 1985 года переименована в лабораторию бентоса). В лаборатории в разные годы работало порядка 13-15 научных сотрудников. До 2012 года возглявлял д.б.н. Ю.Я. Латыпов.
• лабораторию хорологии – также старейшая в учреждении. Основал Лабораторию систематики и морской гидробиологии в 1966 г (с 1977 года как Лаборатория хорологии) д.б.н., академик, заслуженный деятель науки РФ Олег Григорьевич Кусакин (1930–2001), один из организаторов ИБМ (ННЦМБ) ДВО РАН. С 2001 до 2016 года возглавляла лабораторию к.б.н. М.В. Малютина.
• лабораторию планктонологии. С 1988 существовала как группа зоопланктона, преобразованная в лабораторию, до 2016 года возглавлял д.б.н. В.Г. Чавтур.
• лабораторию экологии беспозвоночных. До 1994 года Лаборатория экологии и культивирования беспозвоночных, была организована в 1983 году из числа молодых сотрудников структурной группы популяционной экологии беспозвоночных при Лаборатории физиологической экологии, которой в то время заведовал директор института, академик А.В. Жирмунский. Возглавлял лабораторию с момента ее организации к.б.н. В.А. Брыков.

С 2016 года лаборатория систематики и морфологии объединила в своём составе ведущих и опытных учёных для масштабных скоординированных исследований таксономического состава, филогении, биогеографии и истории становления морских биот. Сотрудники являются общепризнанными специалистами в систематике, сравнительной морфологии, фаунистике, биогеографии и экологии книдарий (кораллы), моллюсков, ракушковых, равноногих, усоногих и корнеголовых ракообразных, что определяет высокий уровень НИР в сопоставлении с аналогичными отечественными и зарубежными исследованиями.

Информацию подготовила н.с. Требухова Ю.А.