Создана в 1974 г. Титляновым Э.А. как Лаборатория фотосинтеза. Основным направлением исследованием в то время было изучение фотосинтеза водорослей, направленности фотоассимиляционных процессов и потока первичных метаболитов, адаптации морских макроводорослей к высоким и низким интенсивностям света. Позднее в конце 1980-х годов расширяется спектр объектов исследований, наряду с водорослями сотрудники начинают изучать процессы адаптации и продукционные возможности герматипных кораллов и морских трав. В 1995 г. лаборатория переименована в Лабораторию физиологии водных растений, а в 2009 г. – в Лабораторию физиологии автотрофных организмов. В 2015 г. после реорганизации Института биологии моря в Национальный научный центр морской биологии название лаборатории вновь сменилось, и сейчас она называется Лаборатория автотрофных организмов.
Информацию подготовила н.с. Сабитова Л.И.