Основал Лабораторию динамики морских экосистем (как Лабораторию экспериментальной гидробиологии) в 1973 г. д.б.н. Пропп Михаил Владимирович  (1937–2018), известный  российский ученый,  специалист в области гидробиологии и гидрохимии.

Лаборатория, руководимая М.В. Проппом, через два года после создания уже могла решать серьезные задачи, пользуясь методами подводных исследований, которые были разработаны еще на Севере. Основные усилия сосредоточили на экспериментальном исследовании процессов фотосинтеза, дыхания, поглощения  и выделения соединений азота и фосфора донными сообществами. Для морской биологии это было новое оригинальное направление, которое начало развиваться одновременно в нескольких лабораториях мира. Тогда впервые были начаты исследования химического и энергетического метаболизма донных сообществ мягких и твердых грунтов. Была показана значительная роль микрофитобентоса в продуцировании органического вещества, что позволило пересмотреть представление о донных сообществах как чисто гетеротрофных. Такие результаты были получены благодаря использованию разработанных в лаборатории методов, позволяющих проводить эксперименты непосредственно под водой. Опубликованная в 1979 г. книга «Методы химического анализа в гидробиологических исследованиях», написанная сотрудниками лаборатории под руководством и при непосредственном участии М.В. Проппа, по сей день является настольной книгой  гидрохимиков. По результатам этих исследований было опубликовано около 60 работ, защищено 7 кандидатских, а  М.В. Пропп защитил докторскую диссертацию на тему «Метаболизм прибрежных сообществ».

В середине семидесятых годов в ДВО АН СССР широко развернулись исследования коралловых рифов - одной из наиболее продуктивных экосистем Мирового океана. Некоторые скептики в считали, что такие исследования не нужны, так как в наших морях существует много «белых пятен», которые необходимо исследовать в первую очередь. Однако М.В. Пропп полагал и его активно поддерживал А.В. Жирмунский, что невозможно разработать теорию биологической продуктивности моря, не изучив его наиболее богатые районы.

В тропиках были получены интересные результаты по дыханию кораллов, фотосинтезу, обмену соединений азота и фосфора как в природных, так и в лабораторных условиях. Оказалось, что энергетические процессы на коралловых рифах существенно отличаются от процессов в умеренных водах. Различие в том, что на коралловых рифах почти все органическое вещество, азот и фосфор постоянно включены в живое вещество, а в умеренных водах продуктивность определяется главным образом запасом этих элементов в окружающих водах.

Результаты исследований тропических экосистем были опубликованы М.В. Проппом в отечественных и иностранных журналах, а также в хорошо изданной Гидрометиздатом в 1985 г книге «Мир кораллов», написанной в соавторстве с Д.В. Наумовым и С.Н. Рыбаковым. Книга иллюстрирована многочисленными подводными фотографиями, выполненными частично Михаилом Владимировичем, которые не только ее украшают, но и служат важной научной документацией.

Следующие 10-15 лет Лаборатории связаны с гидротермами - самым крупным и важным открытием в океанологии в XX в..  Сотрудник лаборатории, а позже сменивший М.В.Проппа на посту заведующего, В.Г. Тарасов в 1976 г., высказал предположение, что в районе Курильской островной гряды в местах выхода вулканических вод и газов могут быть обнаружены специфические донные сообщества, аналогичные сообществам глубоководных гидротерм, и предложил организовать экспедицию на Курильские острова с целью поиска подводных гидротерм на глубинах, доступных аквалангистам. Поиск увенчался успехом: в 1985 г. в б.Кратерная (о.Ушишир), были открыты мелководные гидротермы и связанные с ними уникальные биоценозы.

Начало XXI века Лаборатория встретила под другим названием и с сильно изменившимся составом. Цельная программа научной деятельности лаборатории превратилась в разрозненные исследования, однако всегда имеющие отношение к разным аспектам гидробиологии и динамики морских экосистем.

Информацию подготовила с.н.с. Майорова А.С.